En Europa, ganaron la Recopa de Europa en 1992 y la Copa Intertoto en la edición 1997-98. Disputaron la final de la Liga Europea de la UEFA 2008-09, camiseta seleccion española mundial 2022 que perdieron en la prórroga ante el Shaktar Donetsk. Recientmente se ha desarrollado también antipatía hacia el Schalke 04 después de que algunos jugadores importantes decidieran salir del Werder Bremen para marcharse allí por grandes sumas de dinero, como es el caso de Krstajić, Rost o Fabian Ernst, varios encuentros entre el Werder Bremen y el Schalke han sido decisivos para determinar la posición de ambos equipos en la Bundesliga.
