Ya en la Primera División de México tras ascender el cuadro Necaxista se centró en mantenerse en Primera División por lo cual el Plantel se mantuvo intacto con algunos nuevos jugadores como el jugador delantero Edson Puch nacido en Chile, ya para el Torneo Apertura 2016 (México) Necaxa sorprendió a grandes y a chicos porque bajo al mando de Alfonso Sosa tuvo un torneo regular bueno con 6 victorias, 8 empates y 3 derrotas con 26 puntos en la posición 7° llegando a liguilla, en Cuartos de Final se enfrentó a Pachuca donde el partido de ida en Aguascalientes se ganó 2-1 llevándose una ventaja mínima, en el partido de vuelta todo terminó en empate a 0-0 por lo cual Necaxa pasaba a semifinales, ya en esas instancias el rival era América en el partido de ida en Aguascalientes se terminó en empate 1-1 con ventaja para el América, ya en el partido de vuelta Necaxa no pudo y fue derrotado 2-0, global 3-1 por lo cual termina su participación espectacular.
