Tras otra gran reestructuración en el verano de 2011 y con el cambio de nombre además de las distintas categorías por parte de la Liga Nacional de Fútbol Sala, el equipo queda encuadrado para la temporada 2011/12 en el grupo 2 de la ahora llamada Segunda División B. El presidente del Burgos CF anuncia que la sección de fútbol sala debe autofinanciarse para poder competir.
