Ese mismo año, Argentina también fue derrotada por Brasil en la Copa Roca. En la temporada de 1991-92 José Antonio Roca asumió la presidencia del equipo y designó a Mario Velarde como director técnico de la institución; dicha temporada culminó colocando a Toluca en el 12° lugar general. En los campeonatos de 1994-95 y 1995-96 el Toluca registró diversos cambios, en la primera temporada Silva Para fue reemplazado en la dirección técnica por Moisés Figueroa y este a su vez Aurelio Pescuttini y finalmente en los años 95-96 Sergio Peláez Farell llegaría a la presidencia para seguir con los cambios; llegando a la dirección técnica Marco Antonio Trejo y posteriormente Miguel Ángel López, no obstante los cambios en la institución estaban por estabilizarse pues los malos tiempos de Toluca estaban llegando a su fin.
